THE NEW YORK TIMES.– Excrementos de rata de la ciudad de Nueva York. Heces de parques para perros en Wisconsin. Desechos humanos de un hospital de Misuri. Estos son algunos de los materiales que nos están preparando para el siguiente capítulo de la saga del coronavirus.

Después de más de cuatro años del inicio de la pandemia, el virus ha perdido su dominio sobre el cuerpo y la mente de la mayoría de las personas. Pero aún podría aparecer una nueva variante con mayor capacidad para esquivar nuestras defensas inmunitarias y hacer descarrilar la vuelta a la normalidad que tanto ha costado.

Científicos de todo el país están atentos a posibles primeros indicios.

“Ya no estamos en la fase aguda de una pandemia, y creo que es comprensible y probablemente positivo” que la mayoría de la gente, incluidos los científicos, haya regresado a su vida antes de la pandemia, afirmó Jesse Bloom, biólogo evolutivo del Centro Oncológico Fred Hutchinson de Seattle.

“Dicho esto, el virus sigue evolucionando e infectando a un gran número de personas”, añadió. “Tenemos que seguir monitoreándolo”.

Bloom y otros investigadores están tratando de comprender cómo se comporta y evoluciona el coronavirus a medida que las poblaciones acumulan inmunidad. Otros equipos están sondeando la respuesta del organismo a la infección, incluido el complejo síndrome denominado Covid prolongado.

Además, algunos científicos han asumido una tarea cada vez más difícil: estimar la eficacia de las vacunas en un entorno respiratorio abarrotado.

“Intelectualmente, este virus, al menos para mí, solo se está volviendo más interesante”, afirmó Sarah Cobey, bióloga evolutiva de la Universidad de Chicago.

“En cierto modo, el SARS-CoV-2 ha sido un fabuloso recordatorio de algunas de las preguntas más profundas en este campo, y también de lo lejos que tenemos que llegar para responder a muchas de ellas”.

El análisis minucioso de las nuevas variantes que aparecen en las aguas residuales puede ayudar a predecir qué otras formas pueden aparecer, afirmó Marc Johnson, virólogo de la Universidad de Misuri, que ha buscado iteraciones del coronavirus en muestras de heces de roedores y humanos.

“Nos ayudan a entender la evolución de este virus y lo que es probable que ocurra a continuación, y posiblemente incluso podrían ayudarnos a crear una vacuna mejor”, afirmó Johnson.

El ‘acontecimiento de cisne negro’

La biología evolutiva fue en su día una actividad esotérica que implicaba horas monótonas frente a la pantalla de un ordenador. A menudo, las implicaciones del trabajo para la salud pública eran tenues.

La pandemia cambió esa situación. Ahora las vacunas pueden fabricarse con más facilidad y rapidez que antes, por lo que “comprender realmente cómo evolucionan los virus cada vez tiene más utilidad práctica”, afirmó Bloom.

Muchos biólogos evolutivos que ahora estudian el coronavirus, incluido Bloom, eran expertos en la influenza, la cual evoluciona en una nueva variante en periodos de 2 a 8 años a partir de su predecesor más inmediato.

Los científicos esperaban que el coronavirus se comportara de manera similar. Pero llegó la variante ómicron con decenas de nuevas mutaciones, un impactante “acontecimiento de cisne negro”, dijo Bloom. Luego llegó la variante BA. 2.86, otro enorme salto en la evolución, señal de que el virus seguía siendo impredecible.

Las iteraciones de un virus que prospera a través de una población tienen algún tipo de ventaja: la capacidad de eludir el sistema inmunitario, quizá, o una contagiosidad extrema. En un individuo, “no existe esa presión evolutiva”, afirmó Katia Koelle, bióloga evolutiva de la Universidad Emory.

El resultado es que una infección crónica —generalmente en una persona inmunodeprimida— ofrece al virus la oportunidad de experimentar con nuevos formatos, lo que le permite pulsar el equivalente evolutivo de un botón de avance rápido. (También se cree que la persistencia viral en el organismo desempeña un papel en el Covid prolongado).

Las infecciones crónicas por coronavirus son raras, incluso entre personas inmunodeprimidas. Pero se cree que la variante alfa de finales de 2020, la variante ómicron de finales de 2021 y la BA. 2.86, detectada por primera vez el verano pasado, han surgido de personas inmunodeprimidas.

Según Koelle, algunas mutaciones adquiridas a medida que evoluciona el virus podrían no ofrecer ningún beneficio o incluso dificultarlo. No todas las versiones del virus suponen una amenaza generalizada para la población; por ejemplo, la BA. 2.86, al final, no lo fue.

Sin embargo, estas alteraciones genéticas podrían presagiar el futuro.

Tras la aparición del BA. 2.86, el análisis detallado de su genoma reveló un punto en el que el virus seguía siendo sensible a las defensas inmunitarias del organismo. Johnson supuso que el siguiente paso del virus sería adquirir una mutación en ese mismo punto.

“Y, efectivamente, apareció”, dijo, refiriéndose a JN. 1, la variante que ahora representa la gran mayoría de las infecciones.

“Cuanto más vemos estos linajes como BA. 2.86, que parecen proceder de infecciones crónicas, más tenemos un argumento del tipo: ‘oye, esto sí que es algo a lo que deberíamos prestar atención’”, añadió.

Tras analizar más de 20.000 muestras de aguas residuales de todo el país, Johnson ha encontrado menos de 60 secuencias genéticas virales que probablemente procedan de personas inmunodeprimidas.

Este tipo de secuencias solo aparecen cuando un “superpropagador” —un individuo que excreta enormes cantidades de virus en sus heces— vive en una zona con vigilancia de aguas residuales. “Estoy seguro de que hay muchos más por ahí”, afirmó Johnson. “Solo que no sé cuántos más”.

Vigilancia irregular

Los científicos que buscan indicios de un nuevo peligro se ven limitados por la escasa vigilancia de las variantes de coronavirus en Estados Unidos y otros países.

Muchos países, incluido Estados Unidos, intensificaron sus esfuerzos de seguimiento en el momento álgido de la pandemia. Pero desde entonces se han reducido, lo que ha hecho que los científicos tengan que adivinar la magnitud de las infecciones por virus respiratorios. Las aguas residuales y las hospitalizaciones pueden dar pistas, pero ninguna de ellas es una medida sensible.

“Nunca hemos tenido una vigilancia especialmente sistemática de los patógenos respiratorios en Estados Unidos, pero ahora es aún menos sistemática”, afirmó Cobey. “Nuestra comprensión de la carga de estos patógenos, por no decir de su evolución, se ha visto realmente comprometida”.

No seguir de cerca los virus tiene otra consecuencia: con los múltiples virus respiratorios que hay que combatir cada año, ahora es muy difícil calibrar la eficacia de las vacunas.

Antes del Covid, los científicos calculaban la eficacia de la vacuna antigripal comparando el estado de vacunación de los que daban positivo en la prueba de la gripe con los que no.

Pero ahora, con las vacunas contra el Covid y el virus respiratorio sincicial en la mezcla, los cálculos ya no son sencillos. Los pacientes acuden a las clínicas y hospitales con síntomas similares, y cada vacuna previene esos síntomas en un grado diferente.

“Se convierte en una red de prevención mucho más compleja”, afirmó Emily Martin, epidemióloga de la Universidad de Michigan. “Hace cosas raras con las cifras”.

Una estimación precisa de la eficacia será crucial para diseñar la vacuna de cada temporada, y para preparar a médicos y pacientes para afrontar una temporada respiratoria dura.

En 2021, por ejemplo, la Universidad de Michigan sufrió un brote de gripe. Cuando los investigadores descubrieron que la vacuna de la temporada no protegía contra esa cepa, pudieron avisar a otros campus universitarios para que se prepararan para la aparición de cúmulos en sus residencias, y a los hospitales para que se abastecieran de medicamentos antivirales.

Resolver el problema puede plantear complicaciones en sí mismo, porque diferentes divisiones de los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC, por su sigla en inglés) se ocupan de la gripe, el Covid y otras enfermedades respiratorias.

“Requiere que se resuelvan estos problemas a través de una especie de líneas artificiales de diferentes departamentos”, dijo Martin.

Inmunidad y Covid prolongado

A medida que se materializaba una variante tras otra del coronavirus, se hizo evidente que, si bien las vacunas constituían un poderoso baluarte contra la enfermedad grave y la muerte, eran mucho menos eficaces para detener la propagación del virus.

Para que una vacuna prevenga las infecciones, debe inducir anticuerpos no solo en la sangre, sino en los lugares donde el virus invade el organismo.

“Lo ideal sería que estuvieran en las mucosas, es decir, en la nariz y los pulmones”, explicó Marion Pepper, inmunóloga de la Universidad de Washington en Seattle.

Los científicos descubrieron hace unos 15 años que gran parte de las defensas del organismo no proceden solo de las células y órganos del sistema inmunitario, sino de estos otros tejidos.

“Una de las cosas en las que nos hemos centrado realmente es en intentar comprender mejor que antes las respuestas inmunitarias en los tejidos”, explicó Pepper.

En un pequeño grupo de personas, el propio virus también puede persistir en varias partes del cuerpo, y puede ser una de las causas del Covid prolongado. La vacunación y los medicamentos antivirales alivian algunos de los síntomas, lo que da crédito a esta idea.

En la Universidad de Yale, Akiko Iwasaki y sus colegas están probando si un tratamiento de 15 días con el antiviral Paxlovid puede eliminar un reservorio de virus que se replica lentamente en el organismo.

“Esperamos llegar a la raíz del problema, si es eso lo que está causando la enfermedad”, afirmó Iwasaki.

Iwasaki y sus colegas empezaron a estudiar las respuestas inmunitarias al coronavirus casi tan pronto como apareció el virus. A medida que fue avanzando la pandemia, las colaboraciones se hicieron más amplias e internacionales.

Y se hizo evidente que, en muchas personas, el coronavirus deja un legado duradero de problemas relacionados con el sistema inmunitario.

Hace dos años, Iwasaki propuso un nuevo centro para estudiar las innumerables preguntas que han surgido. Las infecciones por muchos otros virus, bacterias y parásitos también desencadenan complicaciones a largo plazo, incluida la autoinmunidad.

El nuevo instituto virtual, inaugurado el verano pasado, se dedica a estudiar los síndromes postinfecciosos y las estrategias para prevenirlos y tratarlos.

Antes de la pandemia, Iwasaki ya estaba ocupada estudiando las infecciones virales con un gran laboratorio y múltiples proyectos. Pero eso ni se puede comparar con su vida actual, aseguró.

“Los científicos suelen obsesionarse con las cosas en las que trabajan, pero no con este nivel de urgencia”, afirma. “Prácticamente trabajo cada hora que estoy despierta”.

Por Apoorva Mandavilli